En la zona central del poblado (cortes, 1,3, 7 y 9), afectada por la extracción de tierra y piedras y enterramiento de reses, en época moderna, solo se ha podido documentar, en esta Fase II, algún resto de muretes curvos que parecen estar relacionados con obras de acondicionamiento, a modo de aterrazamiento del terreno de la plataforma central, que desde la Fase I presentaba una acusada depresión.
El espacio exterior de la muralla A, excavado en la zona oeste del yacimiento, que había sido intensamente ocupado en la Fase I, se abandona durante la Fase II. Toda esta zona desocupada presenta un nivel homogéneo entre 30 y 40 cm de potencia, que buza hacia el oeste, y que contiene los derrumbes del desmoronamiento de algunos tramos de la muralla. En esta zona abandonada se documenta, en el corte 6, una fosa de enterramiento: se trata de una inhumación de un individuo infantil I, en posición fetal, de cuyo temporal derecho se ha datado una muestra con referencia MAMS-17128, fechada 3694 BP + 24 . (Balsera, V., Díaz del Río, P., Díaz-Zorita, M., Bocherens, H., Waterman,A., Thomas, J., Peate,D. y Martínez Navarrete,I. 2016:331-343).
En esta zona occidental se ha documentado que el nivel del agua de la laguna llegó a alcanzar una cota en torno a algo menos de 6 metros, por debajo del punto cero de la excavación, lo que produciría algunas inundaciones en este sector. Esta oscilación del nivel del agua de la laguna pudo ser, entre otros, uno de los factores que contribuyesen a una recesión del poblado en esta Fase II. Los análisis polínicos muestran como el bosque de Quercetum mixto con caducifolias parece recuperarse, documentándose plantas que viven en lugares húmedos y pantanosos. Los restos de fauna muestran una continuidad de la cabaña ganadera y de las especies cazadas.